В настоящее время ведётся строительство депо ТЧ-2 "Дарнагюль", расположенного за одноимённой станцией, и в 2016 году начались работы по сооружению третьего депо ТЧ-3 "Ходжасан", которое будет расположено за станцией "Автовокзал" третьей линии. В ближайшие 10-15 лет планируется сооружение IV очереди метрополитена, предусмотренной схемой развития транспорта, входящей в Генеральный план развития города. Она включает продолжение линии "Хатаи" - "Низами" в восточном направлении от "Хатаи" до "Гюнешли", после чего станция "Ази Асланов" станет пересадочной. На этой трассе протяженностью 10,2 км планируется возвести шесть станций. Этот участок должен разгрузить первую линию ("Ичеришехер" - "Нефтчиляр" - "Ази Асланов") и переориентировать пассажиропотоки на станции "28 Май".
Бакинское метро славится очень большим количеством пассажиров, особенно в часы-"пик". На станциях (которые в годы хрущёвской экономии сооружались более стеснёнными) нередко образовываются самые настоящие давки. Опыт эксплуатации показал, что основным сдерживающим фактором улучшения условий и комфортности перевозок пассажиров является наличие только одного входа на станциях глубокого заложения, оснащенного трёмя эскалаторами. Даже при плановом ремонте одного из них, станция функционирует без резервного эскалатора. В связи с этим в последние годы на некоторых станциях сооружаются новые дополнительные выходы, а также проводится реконструкция эскалаторов, когда три ленты заменяются на четыре.
Начиная с 2008 года, начинается полная реконструкция станций, в результате которой они полностью меняют свой внешний вид (а иногда и название). Так в 2008-2009 году была полностью перестроена станция "Баксовет", после открытия получившая название "Ичеришехер", далее последовали станции "Мешади Азизбеков" (ставшая "Кёроглу"), "28 Май", "Шах Исмаил Хатаи", "Бакмил" и "Сахил". Работы по реконструкции других станций планируется продолжить и в будущем.
В 2009 году был построен второй выход на станции "28 Май", а 28 декабря 2015 года состоялось открытие второго (западного) выхода станции "Элмляр Академиясе". В скором будущем планируется также сооружение вторых выходов на станциях "Ичеришехер", "Сахил" и "Низами". Строительство второго входа на "Хатаи" планируется начать при сооружении IV очереди.
Официальная схема развития Бакинского метрополитена.
На некоторых станциях, например на "Ичеришехер" и "Хатаи", камера съезда расположена до станции, в связи с этим для приема и отправления поездов используется только один путь. Это ограничивает пропускную способность станции, а следовательно, и линии в целом. Если станция "Хатаи" в перспективе, после строительства IV очереди, станет промежуточной, и камера съезда будет служить для оборота состава, то "Ичеришехер" будет конечной ещё очень долгое время.
Вопрос о сооружении оборотных тупиков за станцией "Ичеришехер" (ещё в бытность "Бакы Совети") ставился неоднократно, но никак не решался. В 1989 году, после соответствующего постановления Совета Министров были начаты работы в этом направлении, однако, они вскоре были приостановлены и не возобновлены и по сей день.
